Специализация «Биоинформатика»

Современная биоинформатика связана с такими дисциплинами как системная биология, информатика, базы данных, системный анализ и компьютерное моделирование. В основе биоинформатики лежат новейшие достижения производства биочипов ДНК и геномных секвенаторов, компьютерных технологий и информатики, способных генерировать и обрабатывать терабайты экспериментальных данных.

Узнать больше

Специализация 1-31 03 07-02 «Биоинформатика»


В Белорусском государственном университете на кафедре системного анализа и компьютерного моделирования факультета РфиКТ в 2016 году открыта специализация 1-31 03 07-02 «Биоинформатика». Специализация обучения выбирается студентами факультета радиофизики и компьютерных технологий в конце второго курса при выборе кафедры обучения.

 

 

Биоинформатика — междисциплинарная область, которая разрабатывает методы и программные средства для понимания биологических данных.

На кафедре системного анализа и компьютерного моделирования разрабатываются методы анализа генных последовательностей, обеспечивающие получение новой информации о живых организмах, выполняется обработка разнообразных биомедицинских изображений живых клеток, тканей и органов.

 

 

Узнать больше

BSU science: анализ изображений раковых клеток


Задачами биоинформатики являются сборка геномов новых организмов de novo и против референсной последовательности, аннотация и филогенетический анализ неизвестных геномов, автоматизированный анализ и 3D моделирование биомедицинских изображений высокого разрешения раковых опухолей, анализ и компьютерное моделирование полимеризации белка актина в живых клетках, разработка программного обеспечения для автоматизации анализа и моделирования результатов экспериментальных исследований



Наши партнеры

Наши партнеры


- Кафедры генетики, биохимии, зоологии биологического факультета БГУ

- РНПЦ онкологии и медицинской радиологии им Александрова Н.Н.

- ГНУ «Институт физиологии НАН Беларуси»

- ГНУ «Институт генетики и цитологии АН РБ»

- РНПЦ детской онкологии, гематологии и иммунологии

- РНПЦ эпидемиологии и микробиологии

- Институт здоровья Люксембурга (Luxembourg Institute of Health)

- Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL – European Molecular Biology Laboratory), Германия

- Норвежский университетом наук о жизни (Norwegian University of Life Sciences) 


Студенты, магистранты, аспиранты и сотрудники кафедры проходят научные стажировки в вышеуказанных учреждениях.


Деятельность

Деятельность


На кафедре системного анализа и компьютерного моделирования действует Кружок по биоинформатике, постоянно проводятся семинары, открытые лекции с приглашенными гостями. Подробнее тут [http://spma.bsu.by/ru/seminars].

Студенты имеют доступ к серверу: 14 ядерный Intel(R) Core(TM) i9-7940X CPU 3.1/4.3 GHz, Intel X299 чипсет, 64 Gb DDR4 2666 MHz RAM, 8 Tb HDD, GeForce GTX1070 8 Gb RAM GPU



Текущие студенческие проекты


«Излучение информативности признаков в клинической транскриптомике: экспрессия генов, экзонов и межсезонных сшивок», Мария Демидик, обладатель стипендии Wargaming

«Разработка программного обеспечения для таргетированной сборки целевых генов из данных полногеномного секвенирования насекомых», Владислав Вертелко, cовместно со Студенческой научно-исследовательской лабораторией биоинформатики и молекулярной эволюции животных, Кафедра зоологии Биологического факультета БГУ.

«Автоматизация сортировки нуклеотидных последовательностей согласно таксономическому положению», Максим Сиколенко, cовместно с Лабораторией «Центр аналитических и генно-инженерных исследований», Институт микробиологии НАН Беларуси. Репозиторий [https://github.com/masikol/barapost]

«Разработка метода и программных средств для диагностики онкологических заболеваний», Марина Чепелева, Совместно с Luxembourg Institute of Health, Грант БГУ 2019, 3-е место на конкурсе инновационных идей и проектов INNSTART BSU 2018



Примеры дипломных работы и магистерских диссертаций


Исследование алгоритмов анализа данных для определения чувствительности раковых клеток к химиопрепаратам

Многофакторный анализ вариабельности генов Buchnera aphidicola относящихся к различным функциональным группам

Разработка автоматизированной системы хранения и анализа данных полноэкзомного секвенирования ДНК человека

Исследование разделения транскрипционных сигналов клеточных популяций с использованием методов скрытых переменных

Разработка клиент-серверного программного комплекса анализа данных флуоресцентной спектроскопии

 

Предметы обучения

Перечень специальных курсов, читаемых на кафедре для студентов специализации 1-31 03 07-02 04 «Биоинформатика»


Курс

Семестр

Перечень дисциплин специализации

Часы
общие

Часы
аудиторные (лек/лаб/УСР)

Зачёт ед.

Форма отчетности

3

6

Интеллектуальный анализ данных

136

62 (34/28)

3,5

зачёт

4

7

Введение в биоинформатику

144

66 (34/32)

4,0

зачёт

4

7

Анализ биомедицинских изображений

124

66 (34/32)

3,5

зачёт

4

8

Программирование встроенных систем обработки информации

120

62 (34/28)

3,5

экзамен

4

8

Моделирование биофизических систем

116

62 (34/28)

3,5

зачёт

Галерея

Участие наших студентов в международных обучающих мероприятиях


International course «Computational Systems Biology of Cancer: Single Cell Analysis», September 23-28 2019, Institut Curie, Paris, France

«German Conference on Bioinformatics 2019», September 16-19 2019, German Cancer Research Center (DKFZ), Heidelberg, Germany

Multidisciplinary graduate and post-graduate education in big data analysis for life sciences August 2019, Minsk, Belarus

Летняя школа «Биоинформатика в исследованиях развития и старения», август 2019, Институт Биоинформатики, Долгопрудный, Россия

Interdisciplinary summer school on mining of biological data, August 11th – 19th 2018, Ås, Norway

Летняя школа Биоинформатики «Интеллектуальный анализ данных», август 2017, Институт Биоинформатики, Долгопрудный, Россия



Стажировки с грантами в 2020 году  


EMBL, Heidelberg, Germany https://www.embl.de/training/events/ 

Summer internship in Centre for Genomic Regulation, Barcelona, Spain. Waiting for 2020 registration. https://www.crg.eu/en/content/training-undergraduates/crg-summer-internship-programme

DKFZ Summer Internship, Heidelberg, Germany https://www.dkfz.de/en/phd-program/Internship_2019.html?m=1542976739 

Летняя школа Биоинформатики https://bioinf.me/education/summer

Награды кафедры


Диплом за стендовый доклад «Исследование алгоритмов поиска статистических закономерностей в кодирующих и некодирующих нуклеотидных последовательностях», авторы Д.А. Сырокваш, Е.П. Гунько, Н.Н. Яцков, представленный на конкурс молодых ученных в рамках II Международной научной конференции «Генетика и биотехнология XXI века: проблемы, достижения, перспективы» (к 50-летию ГНУ «Институт генетики и цитологии НАН Беларуси») / г. Минск, 13–16 октября 2015 г.


Инновационный проект «Программное обеспечение CellDataMiner» получил грант ГНТП на коммерциализацию проекта, 2015 г.


Диплом за 3 место на республиканском конкурсе молодежных проектов Russian StartUp Village (Москва, Сколково) за разработку программного обеспечения CellDataMiner для сегментации ядер на люминесцентных изображениях раковых клеток с использованием метода главных компонент в 2015 г.


Проект «Программный пакет CellDataMiner для анализа изображений раковых клеток» призер молодежного инновационного форума «Наука и бизнес», Минск, Беларусь, 2015 г.


Разработанный программный пакет GENEEXPRESSIONANALYSER участвовал в конкурсе инновационных проектов Фонда Сколково «Всероссийский Стартап Тур – 2015» в Минске, 14-15 апреля 2015 года, где вышел в финальную часть конкурса и вошел в 50 лучших проектов (из более чем 900 заявленных проектов)


Серебряная медаль конкурса «Лучший молодежный инновационный проект» в рамках Петербургской технической ярмарки за научную разработку проекта «Программное обеспечение GENEEXPRESSIONANALYSER для моделирования и анализа данных микрочипов ДНК» А.В. Саечников / IV Петербургская техническая ярмарка, Санкт-Петербург, Россия, 27 марта 2015 г.


Диплом и кубок лауреата V Республиканского конкурс инновационных проектов 2014 года в номинации «Лучший инновационный проект» за научную разработку проекта «Программный пакет CellDataMiner для анализа изображений раковых клеток» Е.В. Лисица, В.В. Апанасович, Н.Н. Яцков, В.В. Скакун / Государственный комитет по науке и технологиям Республики Беларусь, Минск, 19 декабря 2014 г.


Диплом конкурса «Лучший инновационный проект и лучшая научно-техническая разработка года» в рамках Петербургской технической ярмарки за научную разработку проекта «Программный пакет CellDataMiner для интеллектуального анализа люминесцентных изображений раковых клеток» Е.В. Лисица, Н.Н. Яцков, Т.В. Апанасович, В.В. Апанасович / IV Петербургская техническая ярмарка, Санкт-Петербург, Россия, 12 – 14 марта 2014 г.


Диплом от председателя Государственного комитета по науке и технологиям Республики Беларусь за научную разработку проекта «Программный пакет CellDataMiner для интеллектуального анализа люминесцентных изображений раковых клеток» Е.В. Лисица, Н.Н. Яцков, Т.В. Апанасович, В.В. Апанасович / IV Ярмарка инновационных идей, Минск 20 ноября 2013 г.


Контакты

Контакты


Скакун Виктор Васильевич
Зав. кафедрой системного анализа
и компьютерного моделирования
тел. раб: +375 17 398 7042
skakun@bsu.by
 

Яцков Николай Николаевич
Председатель постоянно действующего
семинара “Биоинформатика”
Доцент кафедры системного анализа
и компьютерного моделирования
тел. раб: +375 17 398 0222
yatskou@bsu.by